Ufficialmente inserita nell'albo l'8 luglio del 1946, l'A.C. Merate ha una tradizione che risale a molto prima, almeno all'inizio degli anni Venti. Nel 1916 la federazione di allora annoverava la rappresentativa del calcio Meratese della "Certantes" che si allenava nel cuore della città, in via Pascoli, mentre la sede sociale era in via Garibaldi. Agli anni Venti risale anche lo statuto dell'associazione sportiva, oggi conservato gelosamente dalla dirigenza.
Dopo la prima sede di via Garibaldi, la società si trasferisce in Piazza Italia prima di stabilirsi definitivamente in via Bergamo dove viene finalmente costruito, grazie all'interessamento e ai "mezzi" del cavalier Enrico Ferrario, sindaco e parte della dirigenza, lo stadio a lui intitolato successivamente.
Negli anni dell'immediato dopoguerra l'A.S. Merate giunge al top del calcio dilettantistico militando nella 4^ serie di allora e avendo nello stesso girone rappresentative prestigiose come l'A.C. Lecco. Il passaggio alla sezione dell'A.S. Merate Polisportiva dalla compagine calcistica meratese, avviene nel 1979. Da quel momento la militanza passa per le diverse categorie dilettantistiche regionali raggiungendo nel 1990/1991 la "Promozione", risultato per la quale la società viene insignita dalla Giunta Comunale di Merate del prestigioso premio "Sportivo dell'Anno". Per dieci anni la squadra milita costantemente in questa categoria.
Di recente la sezione calcio si è staccata dall'Associazione dando vita ad una società autonoma, l'A.C. Merate, di cui il Dr. Roberto De Silva è presidente dal 2000. Nella stagione sportiva 2001-2002 la squadra conquista la categoria Eccellenza. Quattro anni dopo (stagione 2005-2006) l'A.C. Merate vince il campionato di Eccellenza regionale e si garantisce l'ingresso nella serie D.
Nel maggio 2006 la società riceve dalla Figc il "Premio di Benemerenza" per i 50 anni della sua fondazione.
Attualmente il Merate partecipa per il secondo anno consecutivo al campionato di serie D.