Francesco Moriero, cresce calcisticamente nella squadra della propria città, il Lecce, con cui esordisce in Serie B nella stagione 1986-1987. Nella stagione seguente guadagna il posto da titolare, totalizza 35 presenze e 3 gol in serie cadetta e ottiene la promozione in Serie A. Nel 1988-1989 esordisce in Serie A con i giallorossi, con i quali gioca per tre anni di fila in massima serie, giocando 86 partite e segnando 4 gol. Nel 1991-1992 registra il record personale di marcature: 6 in 34 presenze in Serie B. Nel 1992 si trasferisce al Cagliari, dove rimane due anni e fa l'esordio nelle coppe europee. Nel 1994 è la volta della Roma. Moriero vi resta tre stagioni, per un totale di 75 presenze e 8 gol in campionato. A maggio 1997 Moriero si accorda con il Milan, ma a luglio firma per l'Inter nell'ambito di uno scambio con André Cruz, che aveva firmato un precontratto con i nerazzurri. I rossoneri prelevano Cruz, mentre i nerazzurri acquistano Moriero. Esordisce con la maglia nerazzurra il 31 agosto 1997 al Meazza contro il Brescia. Chiude la prima stagione all'Inter con 28 presenze e 3 gol, ma vinse una Coppa UEFA. Nel 2000 si trasferisce al Napoli, con cui gioca 14 partite in Serie A (1 gol). In Serie A conta 287 presenze e 21 gol. Ha disputato anche 8 partite con la Nazionale italiana, con cui ha preso parte al Mondiale 1998. In azzurro conta 2 gol, entrambi segnati durante Italia-Paraguay, amichevole pre-Mondiale dell'aprile 1998. I Nel novembre 2006 viene contattato per allenare l'Africa Sports National, compagine del campionato di calcio ivoriano e nel gennaio seguente esordisce alla guida della squadra con una vittoria. Rientrato in Italia nel 2007 diviene allenatore del Lanciano. Il 9 giugno 2008 diventa l'allenatore del Crotone, in Lega Pro Prima Divisione, con il quale il 21 giugno 2009 ottiene la promozione in Serie B.  Nel 2009 allena il Frosinone in Serie B. Successivamente Grosseto e Lugano