La buone prestazione gli valsero il passaggio proprio al Napoli, un periodo di successi e vittorie: vinse, infatti, uno scudetto (suo il gol partita all'ultima giornata che valse il titolo) ed una supercoppa italiana, entrambe nel 1990. In quella stagione, Baroni segnò due goal, entrambi molto significativi: il primo è quello sopraccitato, il secondo (contro il Bologna) passò alla storia come il goal numero 3.000 della storia del Napoli. Difensore roccioso e col "vizio" del gol, viene ricordato anche per un errore decisivo, quello ai calci di rigore contro i russi dello Spartak Mosca che costa alla società azzurra l'eliminazione dalla Coppa Campioni, in una partita disputata sotto la neve.
Nel 1991 passa al Bologna dove gioca 2 stagioni e dal quale, in seguito al fallimento della stessa squadra felsinea, passò al Poggibonsi, squadra allora militante in C2, per le ultime partite del campionato, terminato con una salvezza insperata. Dalla C2 tornò in serie B all'Ancona Calcio, con Attilio Perotti allenatore, e divenne subito capitano.
Le ultime presenze in A le ottiene con la maglia dell'Hellas Verona, per poi passare al Rondinella in Serie C2. Dopo 27 presenze nella squadra toscana, ne diviene l'allenatore.
Da calciatore ha ottenuto 153 presenze in serie A con 8 reti e ben 256 in serie B con 15 goal all'attivo.
Dopo diversi anni in C2 passati tra Rondinella, Montevarchi, Carrarese e FC Sud Tirol, passa nel 2006 all'Ancona, da dove viene però esonerato.
Dalla stagione 2007/08 occupa il ruolo di allenatore della Primavera del Siena Calcio, che alla sua seconda stagione conduce per la prima volta nella storia alla finale per il titolo nazionale di categoria.
Il 29 ottobre 2009 viene scelto per sostituire Marco Giampaolo, esonerato all'indomani della sconfitta con il Bologna per 2-1, sulla panchina del Siena.  (Fonte note: Wkipedia)