Diventa insostituibile con Ancelotti in panchina, ma l'età avanza e dal 2001/02, anno in cui la sua fascia di capitano passa a Del Piero[1], i titolari nel centrocampo a quattro voluto dal rientrante Lippi sono Tacchinardi e Davids. Eppure la sua esperienza e la sua grinta gli permettono di essere ancora importantissimo per la squadra.
Gioca poco solo nella stagione 2003/04, al termine della quale lascia il calcio giocato. Con la maglia della Juventus ha collezionato in campionato 296 presenze e 28 gol e ha vinto numerosi trofei, fra cui 5 scudetti, 1 Champions League ed 1 Coppa Intercontinentale.
Con la Nazionale italiana ha preso parte al Mondiale 1994 e all'Europeo 2000, venendo sconfitto in finale in entrambe le competizioni.
All'Europeo 2000 parte titolare al centro del centrocampo, insieme ad Albertini. Viene da un'ottima stagione alla Juve e lo dimostra anche in azzurro: alla prima partita segna con una spettacolare rovesciata alla Turchia. È parte integrante di quella bella Italia, ma nei quarti di finale contro la Romania subisce un brutto infortunio a causa di un violento fallo di Hagi.
Nel 2005-06 inizia la sua carriera da allenatore come vice di Luigi De Canio al Siena. Nella stagione successiva diviene l'allenatore dell'Arezzo, squadra di serie B che comincia il campionato con 6 punti di penalizzazione. Esonerato il 31 ottobre 2006, è richiamato il 13 marzo 2007 quando riesce a condurre l'Arezzo ad una notevole rimonta in classifica, sfiorando la salvezza, obiettivo che sarebbe stato ampiamente raggiunto se non avesse vinto la sua prima partita in panchina soltanto al 14° tentativo (nella prima parentesi in Toscana aveva conseguito 5 pareggi e 4 sconfitte, e al suo ritorno la vittoria arrivò il 13 aprile 2007 dopo 1 pareggio e 3 sconfitte). A condannarlo, ironia della sorte, fu proprio la "sua" Juventus (già promossa in A) che nell'ultima giornata di campionato perse 3-2 in casa contro lo Spezia, diretta concorrente dell'Arezzo che di conseguenza retrocedette in C1.
Il 28 dicembre 2007 diventa il nuovo allenatore del Bari dopo le dimissioni di Giuseppe Materazzi, riaprendo nuovi attriti con i tifosi salentini i quali lo accolgono al derby con cori offensivi sin da fuori lo stadio. Quella con i galletti pugliesi è per lui la seconda esperienza sulla panchina di una squadra di serie B. L'obiettivo da raggiungere è una salvezza tranquilla e l'obiettivo della sua squadra è quello di essere arbitro di promozioni o retrocessioni, per poi gettare le basi per un futuro da protagonista nella stagione successiva. A fine stagione il traguardo è raggiunto, poiché il Bari si piazza a metà classifica. Amato dai tifosi del capoluogo pugliese per l'umiltà e la signorilità con le quali svolge il suo lavoro, è diventato a tutti gli effetti l'idolo della tifoseria barese.
Il 17 agosto 2008 subisce una grave aggressione ad opera di una frangia estremista della tifoseria leccese, avvenuta in località Spiaggiabella (a pochi chilometri da Lecce): all'uscita di una partita di calcetto, viene colpito con un pugno al volto e aggredito con spranghe, e viene salvato solo dall'intervento di altre persone presenti.
Per la stagione 2008-09, l'ex capitano della Juventus conferma l'impegno con il Bari. È da segnalare come l'obiettivo iniziale della stagione fosse almeno la qualificazione ai playoff, e di come la rosa della squadra fosse apparentemente non idonea a maggiori successi. Grazie quindi ad un modulo che ha nelle fasce offensive il suo punto di forza, e nel bel gioco una costante, il Bari di Conte stronca i pronostici proiettandosi da solo in testa alla classifica, ottenendo la promozione in Serie A, giunta l'8 maggio 2009 (giorno della festa patronale di San Nicola) con quattro giornate di anticipo dopo la sconfitta del Livorno con la Triestina per 0-1. Grazie a lui il Bari torna nel grande calcio dopo 8 anni di attesa. Dopo parecchie indecisioni (complice l'interessamento della sua ex Juve), il 2 giugno 2009, Conte accetta il rinnovo del contratto con il Bari fino al 30 giugno 2010, ma improvvisamente il 23 giugno 2009 la società e l'allenatore rescindono consensualmente il contratto in seguito a divergenze di opinioni riguardo al potenziamento della squadra.] Dopo un lungo tira e molla con la dirigenza dell'Atalanta, Antonio Conte diventa il nuovo allenatore dei nero-blu, approfittando del disastroso inizio di campionato di Angelo Gregucci, esonerato dalla dirigenza dopo 4 sconfitte consecutive. (Fonte note: Wikipedia)