Valter Bonacina č nato a Bergamo il 30 luglio 1964. Trascorsi da calciatore con Virescit, Atalanta, Roma, Monza e Rodengo Saiano, intraprende la carriera di allenatore cominciando nel settore giovanile dell'Atalanta, per poi diventare l'allenatore in seconda della stessa societą nel 2003-2004, alle spalle di Andrea Mandorlini e nelle stagioni successive di Delio Rossi e Stefano Colantuono. Nelle stagioni 2007-2008 e 2008-2009 Bonacina allena, sempre all'Atalanta, la squadra giovanile degli Allievi Regionali. Dalla stagione 2009-2010 passa alla squadra Primavera della societą orobica. Il 7 gennaio 2010 viene provvisoriamente promosso alla guida della prima squadra, rilevando la panchina del dimissionario Antonio Conte. Il 10 gennaio 2010 esordisce sulla panchina della prima squadra nella trasferta contro il Palermo (1-0 per i rosanero), tornando poi alla guida della Primavera a partire dal giorno successivo, quando la societą comunica l'ingaggio di Bortolo Mutti.